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Illumina 935K甲基化芯片服务

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Illumina Infinium MethylationEPIC v2.0Illumina 935K甲基化芯片),该产品是Illumina  MethylationEPIC v1.0的升级版本,包括超过935,000个CpG位点,同时最大限度地兼容MethylationEPIC v1.0Illumina 850K甲基化芯片)。

 

EPIC v2.0在原EPIC v1.0的基础上经过评估,将原芯片中性能较差的探针移除和替换。同时增加了186000个CpG位点,靶向增强子、超级增强子、CTCF结合位点、CNV检测区域以及EPIC v1.0上未充分覆盖的CpG岛和常见的癌症驱动突变。此外,EPIC v2.0还增加了经ATAC-Seq和ChIP-Seq实验鉴定的染色质开放区域。

 

²EPIC v2.0 EPIC v1.0/450K芯片等前序版本的高度兼容性

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²EPIC v2.0与前序产品的异同比较

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²EPIC v2.0覆盖的基因组区域

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²高度准确和精确的甲基化数据

Infinium甲基化分析法能够检测到0.2的beta值差异,假阳性率低于1%,从而实现了较高的分析灵敏度,同时也具有极好的数据可重现性。如下图所示(A)EPIC v2.0技术重复相关性R2>0.99(B)EPIC v1.0和v2.0的交集探针间的相关性R2>0.99。(C)EPIC v2.0数据与甲基化测序(100×测序深度)的相关性R2>96%。

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²可适用于FFPE样本检测

目前生物样本库中的大部分标本都是FFPE样本,这些样本不但数量众多,而且多包含有详细的病理及随访信息,是进行疾病机制研究的珍贵材料。不过经福尔马林固定、石蜡包埋后的FFPE样本所抽提的DNA质量很差,不但片段化严重,而且会出现大量的未知化学修饰与交联。Illumina为FFPE样本的甲基化检测改进了protocol,对于FFPE样本可获得更可靠而稳定的结果。

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